全基因组测序揭示慢性淋巴细胞白血病的五个新亚组
作为英国100,000基因组计划的一部分,由牛津大学领导的一项合作研究今天发表在《自然遗传学》上,该研究定义了最常见的血癌类型慢性淋巴细胞白血病(CLL)的五个新亚组,并将这些亚组与临床结果相关联.这种对患者进行风险分层的新方法可能会带来更加个性化的患者护理。
这是第一项分析整个癌症基因组(而不是目标区域)中DNA所有相关变化的研究,以对癌症患者进行分类并将这些亚组与临床结果联系起来。
领导这项研究的牛津大学肿瘤学系AnnaSchuh教授说:“我们知道,癌症从根本上讲是一种由个体一生中获得的DNA变化引起的疾病。我们目前用来预测患者是否可能对特定疗法产生反应的实验室工具通常侧重于癌症DNA中的单一异常,并不能准确预测患者的临床结果。这就是为什么我们问了一个简单的问题:我们能否通过同时查看癌症中所有获得的DNA变化来提高当前测试的精确度?
本研究分析了485名CLL患者的全基因组序列1,这些患者参加了由利物浦大学和利兹大学领导的国家临床试验,为位于利物浦的英国CLL生物库提供样本,并同意他们的样本用于100,000基因组计划由GenomicsEngland运营。通过比较这些患者的癌症组织和健康组织的全基因组测序数据,该团队能够绘制出已知和新发现的DNA变化、结构改变、癌症突变特征以及与整个基因组中的CLL相关的其他全局指标。他们确定了186个不同且反复发生的基因组改变,并使用这些改变来定义与不同临床结果相关的CLL的五个基因组亚组。
在对接受比本研究中包括的治疗范围更广的治疗(尤其是靶向治疗)的患者进行额外验证后,这些新的CLL基因组亚组可用于更好地指导治疗选择,以改善患者的预后。
这项研究为全基因组分析在其他癌症类型中进行风险分层的常规临床应用铺平了道路。
该团队的分析还确定了148个新的CLL推定遗传驱动因素。未来对这些驱动因素的研究可能会发现CLL启动和进展的新机制,并有可能开发出新的治疗方法。
伦敦玛丽女王大学健康副校长、英国基因组学前首席科学家兼100,000基因组项目负责人马克考菲尔德爵士教授说:“这是对这种血癌进行的最大规模的国际基因组分析,令人兴奋地证明了真正的价值来自100,000基因组计划的全基因组测序。它还利用来自利物浦慢性淋巴细胞白血病生物库的高质量血癌样本以及利物浦和利兹大学临床试验单位收集的相关临床数据,作为国家癌症研究所支持的多中心临床试验的一部分。
我们的工作表明,与传统的靶向方法相比,整个基因组在将患者分组方面具有优势,并且我们可以更准确地预测更多患者对治疗的反应。
英国CLL生物库的创始主任兼两项参与临床试验的首席研究员安德鲁佩蒂特教授说:“这项开创性的研究是通过全国协调的协作方法可以实现的范例,允许应用从尖端科学到大量高质量样本,这些样本是从统一的、定义明确的患者队列中获得的,并与高质量的临床结果数据相关联。
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