据世界卫生组织称,抗生素耐药性是对公共卫生的最大威胁之一。DTU研究人员基于214,000个微生物组样本创建了一种对抗耐药细菌的新工具,可以对不同国家、人和环境的问题进行概述。

将来,如果致病细菌对传统的抗生素治疗产生耐药性,即使是很小的感染也会危及人们的生命。

基于214,000个微生物组样本,DTU研究人员创建了一个可免费访问的平台,该平台显示了世界上不同类型的耐药细菌的发现地点和数量。

为了了解抗生素耐药性如何在世界范围内传播,重要的是要知道在我们周围的所有环境中发现了哪些耐药基因、哪些基因以及有多少耐药基因。提供抵抗力的基因可以在动物、人类和环境之间传播。

数据可用于定制指南

今天,在各种在线存储库中有大量数据可用,并且有一些有限的数据集可以说明耐药细菌在例如污水、土壤、动物或人类中的出现。但是数据并没有被积极使用,因为到目前为止,由于需要计算能力,很难访问、处理,尤其是利用这些大型数据集。

如此大量的数据很有趣,因为我们可以找到致病微生物和抗生素耐药性之间的新模式和联系。例如,我们可以看到某些类型的抗生素耐药性在世界不同地区的流行程度非常不同。我们可以利用这些知识来制定如何在世界不同地方对抗抵抗的指导方针。”

DTU国家食品研究所的研究人员分析了214,000个样本,其中包括动物、人类和土壤等,并以使其他人可以使用的方式组织它们。目标是创建一个跨越国家、人民和环境的耐药细菌目录。

“你可以把它比作一个大百科全书,比如维基百科,它从许多不同的来源收集知识,并以一种所有人都可以访问的方式进行组织。同样,我们收集有关细菌抗生素耐药性的数据并与每个人”,她说。

214,000个样本总共占用了近300TB,在高性能计算机上分析它需要几个月的时间

“通过进行最初的资源密集型分析并将其提供给所有人,我们为世界各地的研究人员提供了更好的机会来提出有助于降低抗生素耐药性发生率的新解决方案。这符合原则DTU国家食品研究所教授FrankMøllerAarestrup说,他是耐药性监测的先驱之一。

全球实时监控

耐药细菌类型的发展因国家而异。但是,例如埃及的耐药细菌可以迅速传播到世界各地,并导致丹麦患者感染对传统治疗有耐药性的细菌。

“来自Covid19大流行的经验向我们展示了全球监测数据的价值,例如,当疾病威胁蔓延到一个国家的边界​​之外时,它可以应对疾病”,FrankMøllerAarestrup说。