Illumina、PacBio和10XGenomics等高通量测序和质谱技术的革命使得大量生物数据的产生成为可能。然而，复杂的数据格式和对专门分析管道的需求带来了重大挑战，特别是对于实验生物学家来说，他们可能会发现命令行界面、编码和脚本令人畏惧。

简化生物信息学的复杂性用于多组学数据分析和可视化的桌面套件

2023年9月，园艺研究发表了题为“OmicsSuite：用于多组学大数据分析和可视化的定制和流水线套件”的研究。

OmicsSuite是一款全面的桌面套件，可促进多组学数据分析和可视化，集成了跨各种分析任务的175个子应用程序。它使用用于用户交互的JavaFX和用于计算分析的R进行开发，支持广泛的多组学研究，包括植物叶绿体基因组分析、GWAS、转录组学、代谢组学和单细胞RNA测序。

OmicsSuite的主要特点包括用户友好的界面(UI)、全面的覆盖范围、高度可读的多组学原始数据以及通过直观的UI元素输出结果。

OmicsSuite利用BioJava实现生物信息学功能，并利用300多个开源包实现不同的分析功能。它擅长集成ggplot2和Shiny应用程序等可视化工具，提供整体分析环境，无需大量设置或计算资源。

其架构能够与R环境无缝交互以进行实时数据处理，支持从LC-MS数据到单细胞基因组学格式的大量多组学数据类型。OmicsSuite的UI设计通过现代化的布局、轻松的导航和全面的教程支持增强了用户体验;4核CPU、4G内存、256G存储的电脑设备可以正常运行。

总体而言，该工具集简化了复杂的数据分析工作流程，使植物育种和分子机制研究的研究人员可以使用它，其不断增长的采用和积极的社区反馈就证明了这一点。