新软件为寻找噬菌体控制细菌铺平了道路

弗林德斯大学的一个新的生物信息学软件程序正在为噬菌体(在控制细菌中发挥关键作用的病毒或噬菌体)的快速扩展研究铺平道路。

弗林德斯大学科学与工程学院的专家发布了计算工具，供世界各地的研究人员寻找“噬菌体” #39;或噬菌体通过更准确的基因组测序。

新“Phables”据一项噬菌体相比，计算工具可以识别和表征更完整的49%的噬菌体基因组 /span>。生物信息学生物信息学中的新文章

分离和利用噬菌体的研究为“噬菌体疗法”这一新兴领域的进展铺平了道路。一种更自然的方法来针对特定细菌，这些细菌对免疫受损、年轻和老年患者以及“超级”患者持续存在风险。对常规抗生素产生耐药性的细菌。

当广谱抗生素不再对“超级细菌”起作用时，抗菌素耐药性 (AMR) 成为全球主要风险。当普通细菌经历多次基因变化时产生。世界卫生组织警告说，抗菌素耐药性是 21 世纪人类面临的最大公共卫生威胁之一，2019 年导致近 500 万人死亡。

“了解噬菌体至关重要，因为它们可以影响从生态系统健康到人类细菌感染治疗的一切事物，”弗林德斯大学微生物组探索加速器 (FAME) 实验室的副研究员 Vijini Mallawaarachchi 博士说道。

从环境测序数据研究噬菌体的传统方法受到限制，常常无法完全捕获噬菌体的完整遗传信息。这种不完整的情况一直是充分理解其作用和影响的障碍。”

FAME 实验室主任、最新文章的合著者 Robert Edwards 教授表示，Phables 软件可以根据环境测序数据通过计算重建噬菌体的遗传内容。

“这标志着噬菌体生物信息学的重大进步，使我们能够通过计算重建完整的噬菌体基因组，”科学与工程学院的爱德华兹教授说。

“它将促进新型噬菌体的发现并实现实验室分离，从而推动医学治疗和环境管理方面的进步，以及对微生物生命的更深入的了解。”

“这种革命性的工具不仅增强了我们对微生物世界的理解，而且为解决我们这个时代一些最紧迫的健康和环境挑战的创新解决方案铺平了道路。”

Phables 使用一种新的、更有效的方法来拼凑噬菌体的遗传信息，并通过对各种数据集的测试表明，与现有最先进的软件工具相比，新工具可以识别更完整的连续噬菌体基因组。

Phables 在不同的软件存储库中拥有近 9,000 次下载。该工具在 2023 年澳大利亚微生物学会全国年会和 2023 年澳大利亚生物信息学和计算生物学学会会议上推出。

明年，弗林德斯大学研究团队的目标是使用 Phables 工具发现新型噬菌体，并有可能在治疗中使用这些分离的噬菌体，包括针对囊性纤维化和炎症性肠病等疾病患者的新治疗选择。