蛋白质通过与其他蛋白质或肽的相互作用发挥作用，这是一个尚未完全了解的复杂过程。目前的研究重点是蛋白质-蛋白质或蛋白质-肽相互作用中氨基酸残基如何相互作用以建立特异性识别。然而，识别对结合亲和力和特异性至关重要的关键残基仍然是一个挑战，并且特定蛋白质-蛋白质相互作用界面的设计仍然是蛋白质工程的一个挑战。

用于分析和设计蛋白质肽相互作用的图形用户界面

2023年5月，BioDesign Research发表了一篇题为“ Atligator web：用于分析和设计蛋白质-肽相互作用的图形用户界面”的研究文章。

在本研究中，开发了 ATLIGATOR 软件及其网络扩展 ATLIGATOR web，以增强蛋白质相互作用的分析。ATLIGATOR 识别氨基酸之间常见的相互作用模式并将其存储在数据库中，帮助理解和设计新的结合能力。

ATLIGATOR web 以其直观的图形用户界面(GUI) 扩展了原始 Python 包的功能，为用户提供了一个可访问的平台来探索预先生成的地图集和袖珍收藏以及可视化交互数据。结果表明，ATLIGATOR Web 通过结构化界面改进了用户交互，该界面包括五个主要部分：结构、图集、口袋、脚手架和设计。

这些部分相互关联，有助于轻松导航和详细分析。例如，“图集”部分从“结构”部分中的蛋白质结构导出成对相互作用，而“口袋”部分则对重复出现的相互作用基序进行分组以进行视觉分析。

此外，支架和设计部分提供了实际应用的工具，允许用户将口袋移植到蛋白质结构上，并为特定的设计任务应用手动突变。

总体而言，ATLIGATOR web不仅使原有的ATLIGATOR工具更加人性化，而且还引入了新的功能，例如用于口袋嫁接和合理设计的先进设计工具。这种全面且直观的界面拓宽了潜在的用户群，鼓励使用 ATLIGATOR 进行详细的蛋白质相互作用分析和设计。