研究人员开发了具有增强基因组测序能力的软件以实现更好的植物育种

阿德莱德大学开发了一种具有增强基因组测序能力的新软件工具，提高了研究人员通过育种改良植物的速度和准确性。这些改进将使农民能够在动态变化的气候和景观中种植更具弹性的作物。

该工具名为CoreDetector，旨在有效处理计算上更具挑战性的基因组测序任务，例如比对大型且进化多样化的植物基因组。

“物种的全基因组比对仍然是确定种群结构和序列变异的重要方法，”该项目的共同领导者阿德莱德大学的朱利安·泰勒博士说。

“很少有工具具有处理大型和进化多样化基因组的功能，但CoreDetector利用计算并行化的能力来承担群体成员基因组之间成对序列比对的繁琐任务。

“该工具可以应用于广泛的物种——从千字节的细菌基因组到千兆字节的植物基因组，比如小麦——甚至支持二倍体生物，比如人类和其他动物。”

CoreDetector的基础研究已发表在Bioinformatics上，该软件也已发布在GitHub上，任何可以从中受益的人都可以免费使用。

这将为植物预育种和育种研究界带来立竿见影的好处，特别是那些研究更复杂植物基因组的人。

该软件基于Java，可轻松在操作系统之间移植。

“随着高通量测序技术变得更加先进，并且可以对更多物种进行测序，我们相信免费使用CoreDetector将继续促进不同人群的基因研究的快速发展，”该大学的Fruzangohar博士说，他也是该项目的共同领导者。项目。

“这将为植物育种者和研究人员提供一种有效的基因组序列分析工具，它可以构成分析管道的一个组成部分，以提高我们对生物有机体的遗传理解。”

Taylor博士和Fruzangohar博士是该大学农业、食品和葡萄酒学院生物测定中心的成员。该中心的成立是为了为研究人员提供一个协作开发统计模型和计算工具(如CoreDetector)的空间，以回答与行业相关的生物学问题。

尽管CoreDetector最近才公开发布，但Taylor博士和Fruzangohar博士已经在致力于该技术的下一代迭代。

“我们的目标是扩展CoreDetector的理论和计算框架，以获得一个群体的核心基因组和辅助序列。这套完整的序列被称为泛基因组，”泰勒博士说。

“我们计划与与泛基因组研究相关的外部组织的其他生物信息学家合作，开发一种最先进的启发式算法，以有效地构建人群的泛基因组。”