新工具揭示基因如何工作和细胞如何组织
奥尔胡斯大学和意大利理工学院的研究人员发现某些蛋白质如何附着在 RNA 中的特殊结构(称为 G-四链体)上。此外,他们还开发了能够预测这些蛋白质-RNA 相互作用的计算工具。新发现的预测这些相互作用的能力可以帮助未来了解细胞中的分子通路,并为开发针对这些 RNA G 四链体结合蛋白的药物铺平道路,这些蛋白被发现与癌症等疾病有关。
与 RNA 结合的蛋白质在细胞的许多过程中都很重要,并且可以介导一系列生物功能。 G-四链体是 DNA 和 RNA 中的一种特殊结构,由参与DNA 和 RNA基因表达的调控元件组成。
在一项新研究中,研究人员利用理论预测和分子生物学实验表明,许多染色质结合蛋白与 RNA G 四链体结合。有了这些信息,他们就可以根据蛋白质与 RNA G 四链体结合的潜力对蛋白质进行分类。
该研究结合了 RNA G 四链体结合蛋白的实验鉴定和计算方法来构建预测工具,该工具可识别蛋白质与 RNA G 四链体结合的概率。研究结果表明,预测的蛋白质表现出高度的蛋白质无序性和亲水性,表明其参与转录和相分离成无膜细胞器。
Ulf Ørom 的研究小组此前已表明,RNA-DNA 双重结合蛋白可能参与 DNA 损伤反应,将 DNA 和 RNA 结合特性与许多蛋白质联系起来。在这项研究中,研究人员扩展了 RNA 结合蛋白的知识,以鉴定 RNA G 四链体结合蛋白。
研究人员还开发了一种计算工具来评估蛋白质的 RNA G 四链体结合潜力。
通过这些新结果,研究人员确定了蛋白质-RNA 相互作用的特性,并提供了识别 G-四链体结合特性的方法,这些特性可能成为疾病治疗的目标。
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