过多的植物分子提供了大量的植物群数据
日内瓦大学的研究人员建立了一个可搜索的光谱和分子库,该库包含1,600种植物提取物。该系列是通过与皮尔法伯实验室的合作获得的。由此产生的开放资源发表在GigaScience杂志上,共享获得的数据和采用的方法。这将有助于从药物发现到大规模探索植物化学多样性的研究。
植物代谢物在药物开发中发挥着重要作用,因为它们可以显示出强大的生物活性;许多现有药物要么用作纯天然产品(例如抗疟疾青蒿素和抗癌药物紫杉醇),要么来自天然产品(例如抗癌药物长春瑞滨、brentuximabvedotin)。
皮尔法伯实验室一直热衷于与学术界分享其制药经验。例如,来自马达加斯加长春花(Catharanthusroseus)的抗癌半合成天然产物长春瑞滨是与法国国家科学研究中心(CNRS)的PierrePotier教授合作于1989年上市的。).皮尔法伯实验室自成立以来就将植物研究作为其方法的核心方面。1998年至2015年期间收集了植物样本,主要目的是寻找新型抗癌药物。这个植物样本馆藏是世界上最大的私人植物图书馆之一,拥有超过17,000个独特的样本,包括一些稀有物种涵盖了来自世界各地的各种植物科。自2015年以来,皮尔法伯实验室已向感兴趣的合作伙伴开放其私有植物样本集。
这项发表在GigaScience上的新研究报告了皮尔法伯实验室系列中大约10%的植物提取物的化学特性。这是朝着使全世界的研究人员能够访问完整集合的化学多样性迈出的重要一步。日内瓦大学的研究人员使用高分辨率质谱法结合先进的计算管道获得了超过200万份光谱和相关化学信息,为了解植物提取物的生化成分提供了宝贵的见解.质谱图谱和相关元数据已通过MassIVE存储库(登录号MSV000087728)公开共享,本数据说明演示了如何查询这一广泛的精选资源。数据说明共享结果数据和采用的方法,允许重现性、进一步探索数据集和改进所提出的计算工具和方法。这是推进大规模化学多样性数字化领域的特殊资源。学术界和工业界之间这种卓有成效的合作关系表明,植物样本的历史和私人收藏的命运可以改变,相关化学多样性的丰富性可以提供给更广泛的公众。
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