算法从临床分离物中鉴定出数十种新细菌物种

临床细菌学依赖于识别培养分离株的能力。然而，未知的分离株在医院环境中很常见。现在，巴塞尔大学的研究人员建立了一种新的研究算法——NOVA(新生物验证和分析)——来分析无法使用传统识别程序进行表征的细菌分离株。

这项工作发表在BMCMicrobiology的论文“新型生物体验证和分析(NOVA)研究：使用基于全基因组测序的流程鉴定代表潜在新型细菌分类群的35种临床分离株”。”

该团队自2014年以来一直在收集和分析含有未知细菌分离株的患者样本，发现了30多种新细菌，其中一些与临床相关感染有关。

在这项工作中，巴塞尔大学DanielGoldenberger博士领导的研究人员分析了在患有多种疾病的患者的血液或组织样本中发现的61种未知细菌病原体。传统的实验室方法，例如质谱法或对细菌基因组的一小部分进行测序，未能对所有这些分离株产生结果。研究人员对细菌的完整基因组进行了测序。

在分析的61种细菌中，有35种代表潜在的新物种。35株菌株中的27株是从深部组织标本或血培养中分离出来的。作者指出，“棒状杆菌属。(n=6)和Schaaliasp。(n=5)是主要属。在厌氧球菌属、梭状芽胞杆菌属、脱硫弧菌属和嗜肽菌属中分别鉴定出两种菌株，并在柠檬酸杆菌属、皮肤杆菌属、螺杆菌属、兰斯菲尔德氏菌属、奈瑟氏球菌属、苍白杆菌属(布鲁氏菌属)、类芽孢杆菌属、泛菌属、卟啉单胞菌属、假棒杆菌属、假单胞菌属、冷杆菌属中检测到一种新种、Pusillimonas、Rothia、Sneathia和Tessaracaccus。”

大多数新发现的物种属于棒状杆菌属和沙氏杆菌属，均为革兰氏阳性杆菌。“这两个属的许多物种都存在于天然的人类皮肤微生物组和粘膜中。这就是为什么它们经常被低估，而且对它们的研究也很少，”戈登伯格解释道。然而，当它们进入血液时，例如由于肿瘤，可能会引起感染。

研究人员将其余26种菌株归类为难以识别。对患者数据的评估显示，35种新菌株中有7种具有临床相关性，这意味着它们可以引起人类细菌感染。“新发现的细菌种类与其临床相关性之间的这种直接联系过去很少被发表，”戈登伯格说。

其中一种难以识别的病原体也可能与临床相关。在一名被狗咬伤的患者发炎的拇指中发现了这种物质。加拿大的一个研究小组最近也在狗或猫咬伤造成的伤口中分离出了这种细菌。“这使我们认为这是一种我们需要监测的新出现的病原体，”戈登伯格说。加拿大研究人员在2022年将这种细菌恰当地命名为VandammellaAnimalimorsus(动物咬伤Vandammella)。

为新物种命名也是巴塞尔团队待办事项清单上的下一个项目。他们正在与根特大学教授、细菌分类专家PeterVandamme密切合作。其中两种细菌已经被命名。一种是三区假棒杆菌(Pseudoclavibactertriregionum)——指的是巴塞尔靠近瑞士、法国和德国边境的位置。